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据基金会官网介绍，20世纪80年代初，中国科学院89位院士（学部委员）致函党中央、国务院，建议借鉴国际成功经验，设立面向全国的自然科学基金，得到党中央、国务院的首肯。随后，在小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月14日正式批准成立国家自然科学基金委员会（简称自然科学基金委，英文名称为National Natural Science Foundation of China，缩写为NSFC）。

长期以来，自然科学基金作为资助基础研究的“基本盘”，稳定支持基础学科全面协调可持续发展，夯实学科发展基础；作为杰出人才的“孵化器”kaiyun，基本形成了覆盖科研人员职业发展全阶段的人才资助体系；作为科学突破的“策源地”，启发和促进产出了铁基超导材料、多光子纠缠等一批前沿成果；作为基础研究领域促进协同创新的“黏合剂”，充分调动社会各界支持基础研究的积极性；作为国际科学合作的“重要平台”，在畅通国际合作渠道方面发挥重要作用。